自然冷冻胚胎植入的子宫内膜制备方法与人工胚胎植入正好相反。而是自然周期中的关键是“准确排卵”，然后利用身体分泌的雌激素和孕激素使子宫内膜自然转变成解冻胚胎可以植入的状态。
胚胎冷冻保存自然循环中制备内膜的步骤
第一步：进入自然周期前，你要和医生确认排卵监测方法。通常，LH/E2/P值通过超声波和抽血来测量。如果月经规律(=规律排卵)，相对排卵日期会更容易预测；如果排卵不规律(多囊卵巢，卵巢功能差)，很难预测。此时可以考虑在自然周期着床前，是否使用口服促排卵药物甚至促排卵针来诱导卵巢排卵。此时促排卵药物/注射的目的是使排卵前的子宫内膜增厚，排卵后的子宫内膜封堵器，而不是取卵，所以药物用量相对较低。因为只要正常排出一两个卵子，身体就会自行产生足够的雌激素和孕激素。
第二步：月经第2-3天回医院报到，抽血看血清激素值，超声波检查。此时复诊的主要目的是记录这个周期的原始状况，作为监测后续变化的依据。
第三步：第二次就诊一般会在月经第9-10天，同样抽血，做超声检查。这个时候应该有个大概的排卵日。
第四步：第3-4次就诊时，卵泡应接近排卵期(优势卵泡大小为1.8~2.0 cm)。这时，有两种选择：1.纯天然周期，连续每日超声检查及血清激素监测至“卵泡消失日”(=取卵日/第0天)。因此，如果囊胚在第5天冷冻，着床日期将是卵泡消失日期后的第五天。2.半自然周期：注射hCG破卵针(夜针)，注射后36小时作为“模拟”排卵日(=取卵日/第0天)。所以如果是第5天冷冻囊胚，在卵针折断后的第七天植入。
体外受精胚胎自然循环的优缺点
优点：在自然周期中，因为排卵，身体会分泌激素来帮助胚胎着床，所以理论上着床后是不需要补充的。但由于部分准妈妈仍存在潜在的黄体酮不足，所以大部分医生还是建议适当补充黄体酮。
缺点：与人工周期相比，自然周期无法调整着床日期，因为着床日期将完全由身体的排卵日期决定。此外，如果在自然周期中无法确定排卵日期，医生通常会取消着床，以避免胚胎-子宫内膜不同步，影响着床率。
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