2手术治疗分两种根治性手术，即将两侧卵巢和子宫全部切除，这对年轻和未生育的妇女是极其残酷的，所引起的并发症后遗症给患者身心造成一定的痛苦，术后会发生绝经期综合症保守性手术，将病变部位局部切除剥离剔除。
手术治疗内异症和子宫肌腺症，并不能 将所有的内异病灶切除，也无法改变腹腔内环境，除了根治术子宫全切其余皆可复发子宫全切术不但损伤大，恢复期长，还会引起诸多的后遗症，诸如更年期提前内分泌紊乱免疫功能。
现在最主要的治疗子宫内膜异位症的方法是手术治疗一保守性手术仅切除内 膜异位病灶，保留卵巢和子宫适用于年轻想保存生育机能者，术后大约50%60 能怀孕但疼痛复发率较高二半根治性手术切除异位病灶的。
子宫内膜异位症还可以采用手术的方式来治疗手术治疗主要就是对病变的部位进行切除和剥离，术后的创伤比较大，而且容易发生严重的粘连，甚至还会导致其他的并发症，因此不到万不得已，尽量还是不要选择手术三子宫内膜异位。
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