巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种。宫腔内的子宫内膜细胞偶尔会偷偷出来种植在卵巢上，每个月都会增厚、脱落、出血，但不像经血可以随阴道流出，久而久之就会形成囊肿。这种异位的子宫内膜也受到性激素的影响，随着月经周期反复脱落出血。比如病变发生在卵巢，每次月经期引起局部出血，使卵巢增大，形成含有陈旧性积血的囊肿。这种老血呈褐色，粘稠状，呈巧克力状，所以又叫“巧克力囊肿”。
虽然巧克力囊肿转化为卵巢癌的概率不到0.1%，但子宫内膜异位症和巧克力囊肿随着生理期的到来，会出现痛经、腹泻等伴随月经的症状，盆腔因月经来潮反复出血，久而久之会导致盆腔粘连、慢性疼痛、性交疼痛、困难，容易导致女性受孕困难。
患有子宫内膜异位症的女性，50%有受孕困难。这种情况下，一年没怀孕，就有必要做个检查。如果不孕女性被诊断为子宫内膜异位症，可以直接选择做试管婴儿。
如果囊肿小于4cm，痛经较轻，且无不孕不育史，可以不做手术直接尝试怀孕。因为，怀孕期间，体内黄体酮明显增多，可以抑制异位子宫内膜的生长，使其萎缩。最好的手术方式是腹腔镜手术，因为该病容易复发，而腹腔镜手术是微创的，不仅可以切除囊肿，还可以治疗同时存在的盆腔子宫内膜异位症病变，还可以在手术中对输卵管、卵巢、盆腔进行综合评估。如果情况好，可以尝试手术后怀孕；情况不好直接建议试管婴儿，不要浪费时间去尝试。
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