流产尤其是早期流产的最大原因是胚胎的质量，75%的流产可能与此有关。流产发生的越早，胚胎本身的质量问题就越严重。如果胚胎染色体紊乱，胚胎受精后可能无法进行细胞分裂，或在第三天停止发育；相反，如果胚胎本身的染色体有小问题，胚胎就有可能存活，甚至活到出生在母亲的子宫里。比如21三体的胚胎，因为21号染色体很小，对胚胎的存活影响不大，所以胚胎可以活到出生，变成先天愚型的孩子。所以，堕胎对于接受辅助生殖援助的患者来说，并不是一件坏事。至少，堕胎可以防止有严重缺陷的孩子出生。
胚胎的染色体异常与什么有关？如前所述，人类在产生配子的过程中会犯错误。因为卵子的质量与胚胎的早期发育关系更为密切，所以这个误差的概率与母亲的年龄有关。随着母亲年龄的增长，流产率也在增加。研究报告指出，母亲37岁是转折点：37岁以上的女性成功受孕的概率降低，甚至怀孕后流产的风险增加，最高可达60%。
除了主要与胚胎的染色体有关外，约有10%的流产与免疫有关。胚胎一半来自母亲，一半来自父亲。把它种在母亲的子宫里并存活下来并不容易。因为人体有一个保护自己免受外来物质侵害的系统，我们在医学上称之为免疫系统。它只能识别自身产生的物质，外来物质要排除为敌人。这种免疫保护机制使我们免受病毒和细菌的攻击，从而保持健康。
也是因为我们身体自身的免疫功能，在输血时只能输与自己血型相匹配的血，器官移植也是在非常严格的配型成功后才能进行。在怀孕的过程中，胚胎的染色体有一半来自父亲。如果它想在母体中存活，就必须逃避母体的免疫排斥功能。我们体内有一套精确的机制，在特定的时间和位置协调母体，让胚胎种植在母体的子宫里。但当母体免疫系统出现问题时，很容易像敌人一样排斥胚胎，也会造成胚胎流产。我们称这种流产为免疫性流产。这是我们在助孕过程中尽量避免的。
另外，还有10%~15%的流产与母体的子宫异常有关。如子宫畸形、子宫纵隔、双子宫、残角子宫或疤痕子宫等。根据子宫异常的严重程度，流产的时间不同。如果问题严重，如胚胎着床在子宫瘢痕子宫内膜上，可能导致早期流产；如果问题不太严重，可能会造成中晚期流产；如果问题轻微，可能会导致早产。有些异常可以通过宫腔镜诊断或手术治疗。但有些问题还是很难解决。
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