在培养的第5天，胚胎成为囊胚。这使情况变得有些复杂，因为医生必须特别注意他们的代谢需求，从第3天开始就会发生变化。与3天胚胎移植一样，胚胎移植也有优点和缺点。
第5天胚胎移植的优缺点
第5天移植的主要优点是自然选择具有最高潜力的囊胚。大多数染色体异常的受精卵不能存活到5-6天。此外，如果在第5天进行植入前形态学评估，则更准确。因此选择具有最佳潜力的囊胚更为准确。
囊胚移植可以与子宫内膜周期同步。另外在自然条件下，受精卵在发育5天前不会附着在子宫黏膜上，即囊胚期的转移更接近自然条件。最后在第5天患胚胎移植的风险伴随着发生多胎妊娠的风险很小。
第5天移植的主要缺点是，即使在现代条件下，也不是所有胚胎都能存活到胚细胞阶段。研究表明，第5天胚胎的死亡率更高，尤其是卵子很少。
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